System FEL został zaprojektowany I wykonany w taki sposób aby jego eksploatacja nie stanowiła uciążliwości dla przyszłego użytkownika.
Podstawową czynnością eksploatacyjną jest okresowe sprawdzanie stężenia osadu czynnego w komorze napowietrzania reaktora biologicznego w sposób podany w Instrukcji montażu i eksploatacji. Usuwanie nadmiaru osadu odbywa się automatycznie przy użyciu erliftu, Prawidłowość pracy oczyszczalni ścieków typoszeregu FEL należy sprawdzać regularnie zgodnie z Instrukcją montażu i eksploatacji dostarczoną przez firmę "FELIKSNAVIS”. wraz z każdą oczyszczalnią.

Obsługa okresowa oczyszczalni polega na dokonywaniu przeglądu komory napowietrzania, sprawdzaniu czy ścieki posiadają odpowiedni kolor zgodny ze wskazówkami zawartymi w Instrukcji montażu i eksploatacji oraz upewnienia się czy kompresor działa bez zakłóceń.
Urządzenie nie posiada żadnych ruchomych elementów lub części elektrycznych wewnątrz zbiornika, co minimalizuje możliwość wystąpienia awarii.
Osad z osadnika wstępnego winien być usuwany około 1-2 razy w ciągu roku, przy użyciu wozu asenizacyjnego lub przy użyciu pompy do brudnej wody 2-4 razy w ciągu roku w zależności od wyników pomiarów stężenia osadu.